肿瘤学论文_基于生物信息学技术筛选结直肠癌的_信息技术与信息化杂志社投稿

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肿瘤学论文_基于生物信息学技术筛选结直肠癌的

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文章摘要:通过生物信息学技术筛选并分析结直肠癌（colorectal cancer，CRC）与正常组织的差异基因，预测可用于诊断和治疗CRC的生物标志物及中药。从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）获取GSE21815、GSE106582、GSE41657基因芯片，应用GEO2R工具获取差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs）；应用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论（Gene Ontology，GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）分析；通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络，应用MCODE、CytoHubba插件筛选网络中显著模块及关键基因；分别应用UCSC、cBioPortal、Oncomine在线数据库对关键基因进行分层聚类、生存分析、Oncomine分析和临床资料相关性分析；应用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的中药。共筛选出284个DEGs，其中146个上调基因，138个下调基因。上调基因显著富集在细胞周期、NLRs通路、TNF信号通路等途径；下调基因显著富集在矿物质吸收、氮代谢、碳酸氢盐在近端小管重吸收等通路。15个关键基因为CDK1、CDC20、AURKA、MELK、TOP2A、PTTG1、BUB1、CDCA5、CDC45、TPX2、NEK2、CEP55、CENPN、TRIP13、GINS2，其中CDK1和CDC20被视为核心基因。CDK1和CDC20的高表达有着较差的生存预后，并且它们在多种癌症中显著表达，尤其是乳腺癌、肺癌、CRC；CDK1和CDC20的表达与性别、肿瘤类型、TNM分期、KRAS基因突变具有相关性。预测出治疗CRC的潜在中药代表药物有黄芩、半枝莲、紫草等。CDK1和CDC20的显著表达有助于区分肿瘤组织和正常组织，并与生存预后有关，有望成为诊断和治疗CRC的生物标志物，该研究为将来新型药物的开发提供参考方向。

文章关键词:

论文DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20211108.402

论文分类号:R735.34